थर्मोफिशर साइंटिफिक इंडिया लि. के साथ साझेदारी
एफ.एस.एस.ए.आई. ने खाद्य सुरक्षा के क्षेत्र में और अधिक अनुसंधान करने और प्रदर्शन और प्रशिक्षण उपलब्ध कराने के लिए गाजियाबाद स्थित एफआरएसएस के परिसर में एफ.एस.एस.ए.आई. के खाद्य सुरक्षा समाधानकेन्द्रों की स्थापना के लिए 03.05.2018 को थर्मोफिशर साइंटिफिक इंडिया लि. के साथ एक करार किया है। Read More 
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मर्क के साथ साझेदारी
खाद्य विश्लेषकों के कौशल विकास और अन्य अनुसंधान कार्यों के लिए विश्व श्रेणी की प्रयोगशाला के निर्माण के प्रयोजन के लिए एफ.एस.एस.ए.आई. और मर्क ने एक अत्याधुनिक प्रयोगशाला जिसे “सूक्ष्म् जीव-विज्ञानीय विश्लेषण प्रशिक्षण केन्द्र” अथवा सी-मेट के नाम से जाना जाता है, का विकास करने के लिए 12.07.2018को एक समझौता ज्ञापन पर हस्ताक्षर किए।
एसोसिएशन आफ एनालीटिकल कैमिस्ट्स (एओएसी) के साथ साझेदारी
एओएसी की शासकीय पद्धतियों तक पहुंच बनाने और इन पद्धतियों की प्रतिलिपि बनाने के लिए अनुमति प्राप्त करने के लिए 05.02.2018 को एओएसी के साथ एक समझौता ज्ञापन पर हस्ताक्षर किए गए ताकि कापी राइट की समस्याओं से बचा जा सके। इससे एफएसएसएआई को नवीनतम विश्लेषणात्मक उन्नतियों के अनुरुप अपने मैन्यूअलों को और अधिक अद्यतन करने में मदद मिलेगी।
राष्ट्रीय खाद्य प्रौद्योगिकी उद्यम और प्रबंधन संस्थान (एनआईएफटीईएम) के साथ साझेदारी
एफएसएसएआई और निफटेम 
के बीच प्रारंभ में 5 वर्षों की अवधि के लिए 05.11.2017 को एक समझौता ज्ञापन पर हस्ताक्षर किए गए। इस समझौता ज्ञापन में देश में एक सुदृढ़ खाद्य सुरक्षा और पोषण पारिस्थितीकी प्रणाली के लिए दोनों पक्षों के बीच समान महत्व से संबंधित क्षेत्रों की पहचान करने, मान्यता देने और परस्पर सहयोग करने के लिए पक्षों के बीच सहयोग करना सम्मिलित है। सहयोग के सामान्य क्षेत्र इस प्रकार होंगे :
ग्लोबल फूड सेफ्टी पार्टनरशिप (जीएफएसपी) और निर्यात निरीक्षण परिषद (ईआईसी) के साथ साझेदारी
जीएफएसपी विशिष्ट प्रशिक्षण कार्यक्रमों के लिए एफएसएसएआई के प्रशिक्षण भागीदार है। कीटनाशक अवशिष्टों, माइकोटोक्सिन, पशु-चिकित्सा औषधि अवशिष्टों (वीडीआर) जिसमें प्रतिजैविक आदि सम्मिलित हैं, के विश्लेषण के संबंध में मास्टर प्रशिक्षकों के लिए जीएफएसपी के सहयोग से कई विशिष्ट प्रशिक्षण आयोजित किए गए थे।
आईटीसी-फस्कान, ईआईए-पीटीएच मुम्बई (खाद्य सुरक्षा और व्यावहारिक पोषण से संबंधित अंतर्राष्ट्रीय प्रशिक्षण केन्द्र) में व्यावहारिक और क्रियाशील प्रशिक्षण की स्थापना के लिए जीएफएसपी, एफएसएसएआई और ईआईसी के बीच 04.09.2017 को एक समझौता ज्ञापन पर हस्ताक्षर किए गए हैं।
